Sesiones de trabajo

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Sesiones

INTRO: Introducción a TDWG

Tipo de Sesión: Resumen plenario & discusión
Organizadores: Holly Little, Museo Nacional de Historia Natural, Washington DC, EE.UU.; Deborah Paul, iDigBio, Universidad Estatal de Florida, Tallahassee, FL, USA; Paula Zermoglio, VertNet, Bariloche, Argentina; James Macklin, Agriculture & Agri-Food Canada, Ottawa, Canadá
Descripción: ¿Alguna vez se preguntó qué es o qué hace TDWG (la Organización de Estándares de Información sobre Biodiversidad? ¿O cómo puede participar? Únase a nosotros para averiguarlo, aprenda un poco sobre el contexto de las reuniones de grupos de trabajo que se celebrarán durante la semana del 21 al 25 de septiembre, así como sobre las Sesiones de Simposios y Debates previstos del 19 al 23 de octubre.
Video: INTRO a and INTRO b

BOF01: Convergiendo especímenes digitales y especímenes extendidos - Hacia una especificación global

Tipo de Sesión: Birds of a feather
Organizadores: Alex Hardisty, Universidad de Cardiff, Cardiff, UK; Andrew Bentley, University de Kansas, Lawrence, Kansas, EE.UU.
Descripción: Los Especímenes Digitales (DS por las siglas en inglés de Digital Specimens) son el mecanismo transformador necesario para enlazar los especímenes de ciencias naturales con otros artefactos y datos sobre ellos. Ellos son los medios por los cuales la información sobre especímenes puede ser encontrada, procesada y utilizada en la Internet; por los que los especímenes pueden ser atribuídos inequívocamente; y por los cuales el uso y los descubrimientos asociados con especímenes pueden ser rastreados (por ejemplo, para repatriar los beneficios de descubrimientos específicos de vuelta al país de origen del espécimen). DS implementa el concepto de ‘espécimen extendedido’ (Webster et al., 2017) y provee los medios por los que las ‘Colecciones de Siguiente Generación’ (Schindel and Cook, 2018) pueden ser administrados. En Europa, un taller en Varsovia, durante Febrero del 2020 organizado por la acción COST ‘MOBILISE’ (https://www.mobilise-action.eu/) como parte del programa DiSSCo (https://www.dissco.eu/)) demonstró una amplia medida de interés en buscar una especificación abierta para Especímenes Digitales, con la intención de mejorar la capacidad de búsqueda, accesibilidad, interoperabilidad y reutilización de los abundantes datos digitalizados derivados de especímenes físicos en colecciones de ciencias naturales como objetos digitales mutables en la Internet (Hardisty et al. 2020 - https://doi.org/10.34960/8z9g-bm52). En Octubre del 2018 en un taller en Upperville, Virginia (EE.UU.), la Red de Colecciones de Biodiversidad (BCoN), propuso una iniciativa para una Red de Especímenes Extendida (ESN) para mejorar el potencial de investigación de los especímenes mediante una mayor digitalización y vinculación con datos extendidos asociados. (Lendemer et al. 2019 - https://doi.org/10.1093/biosci/biz140). ESN requiere el desarrollo de nuevos mecanismos de integración de datos necesarios para enlazar juntos los componentes dinamicos a través de colecciones, tipos de datos y bases de datos tanto existentes como aquellas que evolucionen. DS/ES incorpora la idea de un paquete (o contenedor) curado y autorizado de enlaces a datos sobre el espécimen físico que es una fuente de datos más eficiente y confiables/seguros para el trabajo científico, con el potencial de ahorrar el tiempo que dedica un científico a buscar y cotejar datos sobre los especímenes que les interesan. Con nuevas libertades y oportunidades para el uso y explotación de objetos de colección provenientes de las transformaciones digitales que tienen lugar en instituciones de todo el mundo, una especificación para Especímenes Digitales abiertos tiene el potencial de mejorar y cambiar la vida de los profesionales que trabajan con objetos de ciencias naturales. Existe una eventual necesidad de introducir tal trabajo en TDWG, quizás en conjunto con el Grupo de Interés de Integración de Datos de Biodiversidad (BDI IG) de la Alianza de Datos de Investigación (RDA, Research Data Alliance). Esta sesión de BoF presentará las nociones de Especímenes Digitales y Extendidos, proporcionará un intercambio inicial de información y puntos de vista e identificará los próximos pasos hacia una especificación global común.
Video: BoF01 DS/ES

HACK01: Hack4Nature

Tipo de Sesión: Hackathon
Organizadores: Rovellotti Olivier, Natural Solutions Marsella, Francia; Aurelie Jambon, Natural Solutions Marsella, Francia
Descripción: HackForNature es un evento BarCamp (tipo de desconferencia) para identificar asuntos que podrían ser abordados durante el evento Hack4Nature en enero 2021 en Marsella (durante el Congreso Mundial de Conservación de la UICN). Es una sesión abierta donde enumeraremos y documentaremos desafíos potenciales en los que trabajarán equipos remotos y locales.
Video: ITG01 TNC

ITG01: Nombres y Conceptos de Taxones

Tipo de Sesión: Reunión del Grupo de Interés/Grupo de Tarea
Organizadores: Niels Klazenga, Real Jardín Botánico de Victoria, Melbourne, Australia
Descripción: El Grupo de Interés de Nombres y Conceptos de Taxones ha emprendido la producción de una nueva versión del Esquema de Concepto de Taxon (TCS), que es compatible con la Especificación para el Mantenimiento de un Vocabulario y el Estándar de Documentación de Estándares (SDS) y satisface a usuarios y casos de uso mediante el establecimiento de un mecanismo robusto para el intercambio de datos de biodiversidad con un contexto taxonómico y nomenclatural exacto y preciso con capacidad de resolución a largo plazo.

El objetivo de la reunión es discutir las actividades del comité e involucrar a una base más amplia de partes interesadas. Los temas que se discutirán incluyen:

Actividades del Grupo de Interés
Un borrador de propuesta para reemplazar el concepto de taxón del TCS (Taxon) con el de Uso de Nombre Taxonómico (Taxonomic Name Usage)
Propiedades de un buen estándar de datos
Casos de uso para nombres y conceptos taxonómicos de apoyo estándar
Cómo tratar las referencias bibliográficas.

Estamos especialmente interesados en relacionarnos con personas de las que no escuchamos con tanta frecuencia. Se anima a aquellos con otros temas que les gustaría que se discutan, a abrir un problema (issue) en nuestro repositorio de GitHub o enviar un correo electrónico al organizador.

Video: ITG01 TNC

ITG02: Grupo de Mantenimiento del Darwin Core

Tipo de Sesión: Reunión del Grupo de Interés/Grupo de Tarea
Organizadores: John Wieczorek, VertNet/TDWG, Bariloche, Argentina; Steve Baskauf, Bibliotecas Heard de la Universidad Vanderbilt, Nashville, Tennessee
Descripción: El Grupo de Mantenimiento del Darwin Core ha estado activo en el año pasado para actualizar el Darwin Core (est. 2009) de acuerdo con el Estándar de documentación de estándares de TDWG y aclarar qué partes del estándar son normativas y cuáles se consideran comentarios. Esto hace que la documentación sobre el uso del estándar sea mucho más flexible, ya que los comentarios y ejemplos pueden ser impulsados por la participación de la comunidad sin tener que invocar el riguroso proceso de estándares para cambios. Esperamos que esto finalmente involucre a la comunidad de manera más amplia y dé como resultado Guías de Usuario, como la Guía de Referencia Rápida, pero para distintas comunidades y diversos propósitos del intercambio de datos. En esta sesión de trabajo, responderemos preguntas sobre el mantenimiento de Darwin Core y nos esforzaremos por abordar cuestiones pendientes, incluido el avance (o el rechazo) de solicitudes de cambios en la definición de términos y términos adicionales.
Video: ITG02 DwC

ITG03: Grupo de Tarea de Descripciones de Colecciones

Tipo de Sesión: Reunión del Grupo de Interés/Grupo de Tarea
Organizadores: Matt Woodburn, Museo de Historia Natural, Londres, Reino Unido; Deborah Paul, iDigBio, Universidad Estatal de la Florida, Tallahassee, EE.UU.
Descripción: Como comunidad global de colecciones científicas, necesitamos un vocabulario básico que describa las colecciones en sí mismas, no los conjuntos de datos publicados. Necesitamos poder usar las métricas del conjunto de datos publicado junto con los metadatos y métricas a nivel de colecciones para poder hacer comparaciones significativas entre las colecciones (por ejemplo, qué es lo único de una colección en particular o dónde están las brechas geográficas y taxonómicas). Estos datos son especialmente críticos para descubrir colecciones que aún no están publicando sus datos de especímenes en ninguna parte. Hay colecciones valiosas que no tienen información almacenada en una base de datos y muchas no tienen presencia en Internet. El Grupo de Tarea del Estándar de Datos para Descripciones de Colecciones (CD) tiene como objetivo proporcionar un estándar de datos para describir colecciones científicas naturales, que habilita la capacidad de proporcionar 1) métricas automáticas que utilizan o bien descripciones de colecciones estandarizadas o bien, información derivada de conjuntos de datos de especímenes (por ejemplo, recuentos de muestras) y 2) un registro global de colecciones físicas (digitalizadas o no digitalizadas). Algunas de las partes interesadas que solicitan este estándar son el Museo Field, GBIF, DiSSCo, CETAF, SYNTHESYS +, MOBILIZE e iDigBio. Para el momento de la reunión de TDWG, el primer borrador del estándar de CD estará cercano a su finalización y revisión comunitaria. Esta sesión de trabajo brinda una excelente oportunidad para que el grupo resuma el estándar y el modelo de datos, demuestre algunas adopciones tempranas y pruebas de concepto en acción, y discuta los pasos finales y las vías de adopción con las partes interesadas.
Video: ITG03 CD

ITG04: Mejores prácticas para el desarrollo de Vocabularios de Valores (“Vocabularies”)

Tipo de Sesión: Reunión del Grupo de Interés/Grupo de Tarea
Organizadores: Paula Zermoglio, VertNet/TDWG, Bariloche, Argentina
Descripción: Durante la sesión discutiremos los avances en el trabajo del Grupo de Tarea para el Vocabularios de Valores y abordar temas pendientes.
Video: ITG04 Vocab

ITG05: Grupo de Interés de Observaciones de Máquina

Tipo de Sesión: Reunión del Grupo de Interés/Grupo de Tarea
Organizadores: Peggy Newman, Atlas of Living Australia, Melbourne, Australia; Peter Desmet, LifeWatch, INBO, Bruselas, Bélgica
Descripción: La agenda del Grupo de Interés de Observaciones de Máquinas es documentar las guías comunes para aplicar el Darwin Core a datos de bio-logging de tal forma que puedan ser abiertos y descubrirse por medio de repositorios de biodiversidad tales como GBIF, los Living Atlases y OBIS. En el viaje del modelado de datos, hemos encontrado patrones similares a otras formas de datos de biodiversidad basados en sensores, como cámaras trampa y bioacústica. El grupo utilizará este tiempo de reunión para discutir el progreso del trabajo en nuestro repositorio de Github (https://github.com/tdwg/dwc-for-biologging) y otras iniciativas relacionadas en las que los miembros han estado involucrados durante el año. Todos son bienvenidos a asistir.
Video: ITG05 MachObs

ITG06: Reunión anual del Grupo de Mantenimiento del Audubon Core

Tipo de Sesión: Reunión del Grupo de Interés/Grupo de Tarea
Organizadores: Steve Baskauf, Bibliotecas Heard de la Universidad Vanderbilt, Nashville, Tennessee
Descripción: Esta es una oportunidad de aprender acerca del trabajo que se lleva a cabo por el Grupo de Mantenimiento del Audubon Core y proporcionar insumos para establecer las prioridades futuras del grupo. En la reunión, revisaremos el trabajo principal que se realizó durante el año pasado para desarrollar nuevos términos y recomendaciones de mejores prácticas para metadatos sólidos. También revisaremos los problemas que aun permanecen en la lista y solicitaremos sugerencias sobre cómo debemos enfocar nuestro trabajo el próximo año. Un tema de interés actual es cómo estructurar anotaciones (tales como segmentos de audio o partes de otros elementos multimedia), por lo que anticipamos alguna discusión sobre ese tema.
Video: ITG06 AC

ITG07: Cómo Murió?

Tipo de Sesión: Reunión del Grupo de Interés/Grupo de Tarea
Organizadores: Sophia Ratcliffe, NBN Trust, Nottingham, UK; Quentin Groom, Meise Botanic Garden, Meise, Belgium
Descripción: The vitality of the organism at the time of the observation or collection is an important attribute of a species record, which currently cannot be expressed in a machine-readable manner. The ‘How did it die?’ task group has been convened to propose the addition of terms, and associated controlled vocabularies, to Darwin Core to enable the interoperability of datasets that hold information on the vitality of the organism and any cause of death (e.g. roadkill, beach stranding, hunting, window strikes and disease monitoring).

We have suggested two additional terms: vitality and causeOfDeath. In this working session we will further develop use cases to support the addition of each term and begin exploring a vocabulary for cause of death. New members, who were not included in the initial charter, are very welcome.

Video: ITG07 How did it die?

ITG08: Earth Science And Paleobiology Interest Group

Tipo de Sesión: Interest/Task Group meeting
Organizadores: Denne Reed, University of Texas at Austin, Austin, Texas, USA; Holly Little, National Museum of Natural History, Washington, DC USA
Descripción: In this meeting we will cover standard business of the Earth Science and Paleobiology interest group including: provide an orientation to the interest group for new attendees, share updates on activities of the interest group, gather reports from ESP members that are participating in parallel efforts in related groups (e.g. DiSSCo and iDigBio Paleo Data Working Group), and define action items for the coming year. In addition we will use this meeting of the interest group to hold a focused discussion on the use of standards for annotating stratigraphic and geological context data and to plan the publication of recommendations and best practices.
Video: ITG08 ESP

ITG09: People In Biodiversity Data Task Group

Tipo de Sesión: Interest/Task Group meeting
Organizadores: David Shorthouse, Agriculture and Agri-Food Canada, Ottawa, Canada; Quentin Groom, Meise Botanic Garden, Meise, Belgium
Descripción: In this working meeting (see schedule), we will:

review the Attribution Interest Group and its contexts, tools, outputs, and services
demonstrate the Agent Actions extension to Darwin Core in an Integratated Publishing Toolkit in test mode and prepare a white paper for submission to BISS on its design and use
complete the tasks in our People in Biodiversity Data charter, including a plan to produce a best practice guide to the disambiguation of people’s names

Video: ITG09 People

ITG10: Task Group On Minimum Information About A Digital Specimen (MIDS)

Tipo de Sesión: Interest/Task Group meeting
Organizadores: Alex Hardisty, Cardiff University, Cardiff, UK; Elspeth Haston, Royal Botanic Garden Edinburgh, Edinburgh, UK
Descripción: Inaugural session of the Task Group on Minimum Information about a Digital Specimen (MIDS) will introduce the topic to TDWG members, set out the steps and working method towards a proposed TDWG standard, and engage participants. Note: At the time of responding to this call for sessions, the draft charter is sent to the Executive Committee for consideration and approval of the TG.
Video: ITG10 MIDS

ITG11: Species Information Interest Group

Tipo de Sesión: Interest/Task Group meeting
Organizadores: Francisco Pando, Real Jardin Botanico-CSIC, Madrid, España; William Ulate, Missouri Botanical Garden, St. Louis, Missouri, USA
Descripción: Presentation of the current status of the activities of the Species Information Interest Group mostly related to the developments around the task group on Plinian Core: Documentation under the current TDWG Standards Documentation Specification, implementations for national checklists, SPARQL endpoints, etc. Capturing requirements for new developments and interconnection with other TDWG standards and interest groups. Proposals for new task groups, see https://github.com/tdwg/species-information.
Video: ITG11 SpecInfo

ITG12: Annotations Interest Group

Tipo de Sesión: Interest/Task Group meeting
Organizadores: Paul J. Morris, Museum of Comparative Zoology, Harvard University, Cambridge, MA USA
Descripción: The Annotations Interest Group will hold a working session to examine advances in annotation technologies over the last year including use of annotations in the wild in the biodiversity community, and annotation-related activities in the World Wide Web Consortium (W3C). Of particular interest are annotations as sets of assertions concerning quality of biodiversity data.

The agenda will include:

Reports on data annotation systems in production use in the biodiversity community.
Discussion of activities in the W3C Web Annotation Working Group https://www.w3.org/annotation/).
Annotations and data quality assertions resulting from the TDWG BDQ TG2 core tests for biodiversity data quality.

New participants in the Annotations Interest Group are welcomed.

Video: ITG12 Annotations

ITG13: Citizen Science Interest Group

Tipo de Sesión: Interest/Task Group meeting
Organizadores: Rob Stevenson, University of Massachusetts, Boston, Massachusetts USA; Peter Brenton, Atlas of Living Australia, Canberra, Australia; Libby Ellwood, Natural History Museum of Los Angeles County, Los Angeles, California USA
Descripción: In this session, we will engage existing and new members of the Citizen Science Interest Group in discussion about standards as they pertain to citizen science. With nearly half of the data in GBIF coming from citizen science projects (the majority from eBird and some from iNaturalist), the role of citizen science data in the data landscape is significant. The legacy of apprehension towards citizen science data is fading as time and again the breadth and scope of these data are recognized as invaluable. This session will include updates about the PPSR-CORE Metadata Standard and updates on the continental Citizen Science Associations.

Discussion topics will include:

Current state of the PPSR-Core standard;
Uplifting data quality in citizen science with methods such as interacting with observers, digital documentation, artificial intelligence, expert review, and crowdsourcing;
Optimisation of effort through coordination and collaboration with continental Citizen Science Associations;
Finding our niche to maximise impact and uptake of standards in biodiversity citizen science.

Video: ITG13 CitiSci

ITG14: Genomic Biodiversity Interest Group

Tipo de Sesión: Interest/Task Group meeting
Organizadores: Ramona L. Walls, University of Arizona, Tucson USA; John Deck, University of California Berkeley, Berkeley USA
Descripción: This is a working session of the joint TDWG and Genomic Standards Consortium (GSC) Biodiversity Genomics Working Group (aka GBWG). The session will begin with an overview of GBWG activities over the past year and plans for the coming year. Three working sessions of ~45 minutes each will cover the following topics: 1) Managing environmental samples, e-DNA, and relationships among organisms, particularly among microorganisms or between micro- and macro-organisms. 2) Coordination between GSC, TDWG, and GGBN. We will begin by reviewing the history of GSC and TDWG interactions, then compare MIxS and Darwin Core to determine what terms might need to be added to each list for compatibility. GGBN is under review as an official TDWG and GSC standard, and their mappings can provide a guide for this. We can discuss if/how ABCD should also map to MIxS and new work on MIXS as RDF. 3) Based on common needs from GSC/TDWG coordination (topic 2) and requirements for linking organism and samples (topic 1), discuss an overall data model for biodiversity that could be shared among groups including GBIF, GGBN, and INSDC. The goal is not to come up with a model at this workshop, but to pinpoint common needs and examine existing models that may be useful such as PROV, the BioCollection Ontology, and ABCD.
Video: ITG43 Genomics

WS01: Capturing ideas for the future of BioCASe provider software and the GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)

Tipo de Sesión: Workshop
Organizadores: Jörg Holetschek, Botanic Garden & Botanical Museum, Berlin; Tim Robertson, GBIF, Copenhagen, Denmark
Descripción: The BioCASe Provider Software (BPS) and the GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) have been fundamental components used to build open biodiversity data infrastructure. Closely following the TDWG standards, these tools have been used for more than a decade across several data networks and have an established community of users. This has led to a good understanding of the limitations. Understanding these issues and considering the upward trend of using open data repositories, we believe it is a good time to start discussion around the future needs of these tools.

In this session we will present ideas for directions that the tools could adopt, propose a way to identify the features in current widespread use and invite discussion around ideas from users.

This will touch on questions and topics such as:

Should the BPS and IPT be merged into a combined tool, and which specific functions can possibly be dropped?
Should the components for data mapping, metadata authoring, registration in e.g. GBIF/OBIS be separated and available in separate modules?
Should the tool allow you to push data to an open repository, rather than requiring running a server on the internet?
What are the institutional needs? Access to a local database? Data served from your own servers?
What enrichment to metadata is required; aspects of the Collections Descriptions work?
Would support for RDF, FrictionlessData and more complete EML Data mapping enable wider use of these data?
What level of data validation should be included in the data mapping process?
What technologies should be used for the next generation of tools?
How can these be deployed with minimal disruption to existing users?
Are there developments in other areas that can be used and adapted instead of a new development?

More detail around these topics is given in an ideas paper, which may help guide the discussion.

The outputs and key points from the discussion will be captured to help contribute to the roadmap for these tools.

Video: WS01 BioCASe+IPT

WS02: ABCD/DwC Alignment Working Group

Tipo de Sesión: Workshop
Organizadores: David Fichtmüller, Freie Universität, Berlin, Germany; Anton Güntsch, Freie Universität, Berlin, Germany
Descripción: ABCD (Access to Biological Collection Data) and DwC (Darwin Core) are TDWG standards for unit-level biodiversity data that are used for a wide range of applications. Since 2019, the working group has been investigating ways to enable a closer link and integration of the standards. In the run-up to the workshop we will collect use cases for the application of the standards, which will be analysed and discussed in the workshop itself. On this basis, working groups will be formed to address technical, organisational, and sociological aspects relevant for an alignment and future maintenance of ABCD and DwC. The results will be presented in the TDWG 2020 Symposium SYM01 Standards Alignment: Which and how?.
Video: WS02 ABCD/DwC

WS03: Living Atlases workshop for end users

Tipo de Sesión: Workshop
Organizadores: Marie-Elise Lecoq, VertNet, San Francisco, California USA; Anders Telenius/Manash Shah/Veronika Johansson, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden
Descripción: This workshop will focus on end-users. We will propose exercises to use different types of live data portals. Participants will be able to choose a data portal and will do the exercises based on the chosen platform. This workshop will help Living Atlases participants to promote their data portal, but also for people interested in the tools to discover the possibility given by a platform based on the Atlas of Living Australia toolset.
Video: WS03 LivingAtlas

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